El CEMCA es un establecimiento a autonomía financiera que depende del Ministerio Francés de Asuntos Exteriores (MAE) y del Centro Nacional para la Investigación Científica (CNRS). Forma parte la red internacional de los 27 de  Institutos Franceses en el Extranjero (IFRE). El CEMCA-UMIFRE N°16 trabaja bajo el auspicio de las Embajadas de Francia en México y en Centroamérica y coordina sus actividades con los servicios culturales y de cooperación científica y universitaria de dichas embajadas.
El CEMCA está localizado en dos sitios, su sede principal, en México D.F. y una antena en la Ciudad de Guatemala. Desde enero de 2010, el CEMCA y el IFEA forman una sola unidad de investigación: El USR 3337 América Latina, lo que les permite inscribirse en una verdadera dinámica internacional a través de ejes de investigación y proyectos comunes.
 
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