- Departamento de Administración, Funcionamiento General y Cooperación, administra los programas de investigación, los recursos humanos, la formación del personal y la organización de actividades de investigación, de campo y otros sitios cotidianos.
- Departamento de Valorización y Difusión Científica, encargado de las publicaciones impresas y electrónicas del CEMCA, de la revista TRACE, y el Centro de Documentación.
- Departamento de Investigación y Formación, a cargo de los investigadores y estudiantes de doctorado, así como de los responsables de proyectos (investigadores asociados y otros) y el laboratorio de arqueología en México y en Guatemala.
